COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 2.139991 2.139991 1.818311
2021-07-04 17:00:00 1.923810 1.923810 1.822566
2021-07-03 17:00:00 1.644493 1.644493 1.801980
2021-07-02 17:00:00 1.714347 1.714347 1.792818
2021-07-01 17:00:00 1.908265 1.908265 1.791017
2021-06-30 17:00:00 1.765723 1.765723 1.791496
2021-06-29 17:00:00 1.501747 1.501747 1.786655

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 1.871658 7.085561 2.113899
2021-07-04 17:00:00 1.460280 1.460280 2.099885
2021-07-03 17:00:00 1.351351 1.351351 2.076609
2021-07-02 17:00:00 1.721557 1.721557 2.043286
2021-07-01 17:00:00 4.694836 2.488263 2.102862
2021-06-30 17:00:00 2.771180 2.771180 2.098894
2021-06-29 17:00:00 2.795899 2.795899 2.070067

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 2.173913 0.452489 3.014680
2021-07-04 17:00:00 3.797468 3.797468 3.372401
2021-07-03 17:00:00 5.045872 5.045872 3.649877
2021-07-02 17:00:00 1.465201 1.465201 3.690000
2021-07-01 17:00:00 7.142857 7.142857 4.073078
2021-06-30 17:00:00 3.333333 3.333333 4.212977
2021-06-29 17:00:00 2.564103 2.564103 4.360130

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 2.040816 0.679642 1.509853
2021-07-04 17:00:00 1.552393 1.552393 1.566754
2021-07-03 17:00:00 3.311650 3.311650 1.600328
2021-07-02 17:00:00 0.732394 0.732394 1.625074
2021-07-01 17:00:00 1.453175 1.453175 1.621738
2021-06-30 17:00:00 1.799856 1.799856 1.695107
2021-06-29 17:00:00 1.250000 1.250000 1.664523

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 7.789233 6.168277 6.441178
2021-07-04 17:00:00 5.702436 5.702436 6.506448
2021-07-03 17:00:00 7.066599 7.066599 6.539340
2021-07-02 17:00:00 5.587229 5.587229 6.538050
2021-07-01 17:00:00 4.969810 4.969810 6.630828
2021-06-30 17:00:00 6.802721 6.802721 6.715074
2021-06-29 17:00:00 8.527697 8.527697 6.794037

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 8.226950 8.226950 4.485787
2021-07-04 17:00:00 4.605846 4.605846 4.453872
2021-07-03 17:00:00 4.606662 4.606662 4.412932
2021-07-02 17:00:00 3.463855 3.463855 4.385333
2021-07-01 17:00:00 4.375897 4.375897 4.383704
2021-06-30 17:00:00 2.258469 3.638645 4.314893
2021-06-29 17:00:00 2.257053 3.605016 4.212778

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 0.576369 0.576369 1.725062
2021-07-04 17:00:00 1.829268 1.829268 1.649135
2021-07-03 17:00:00 1.434720 1.434720 1.602940
2021-07-02 17:00:00 2.896552 2.896552 1.604997
2021-07-01 17:00:00 2.060440 2.060440 1.640155
2021-06-30 17:00:00 1.304348 1.304348 1.596713
2021-06-29 17:00:00 1.718582 1.718582 1.579214

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 3.336013 3.336013 2.675800
2021-07-04 17:00:00 2.618297 2.618297 2.713260
2021-07-03 17:00:00 2.639752 2.639752 2.678384
2021-07-02 17:00:00 2.540691 2.540691 2.689456
2021-07-01 17:00:00 2.538787 2.538787 2.691859
2021-06-30 17:00:00 2.388759 2.388759 2.702568
2021-06-29 17:00:00 1.803922 3.176471 2.682651

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 1.098901 1.098901 0.706788
2021-07-04 17:00:00 0.781250 0.781250 0.713473
2021-07-03 17:00:00 0.362319 0.362319 0.691088
2021-07-02 17:00:00 0.729927 0.729927 0.689498
2021-07-01 17:00:00 0.761421 0.761421 0.692571
2021-06-30 17:00:00 0.730460 0.730460 0.696354
2021-06-29 17:00:00 0.879917 0.517598 0.700087

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 0.846052 1.140201 1.131366
2021-07-04 17:00:00 1.109229 1.109229 1.124827
2021-07-03 17:00:00 0.911458 1.191692 1.116338
2021-07-02 17:00:00 1.078431 1.078431 1.112185
2021-07-01 17:00:00 1.091405 1.091405 1.118641
2021-06-30 17:00:00 1.174542 1.174542 1.120289
2021-06-29 17:00:00 0.891476 1.182571 1.123992

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 1.173021 0.414723 2.051130
2021-07-04 17:00:00 3.565217 3.565217 1.968979
2021-07-03 17:00:00 3.579418 3.579418 1.904670
2021-07-02 17:00:00 2.975558 2.975558 1.836788
2021-07-01 17:00:00 4.655870 1.315789 1.758849
2021-06-30 17:00:00 1.222494 1.594049 1.661395
2021-06-29 17:00:00 0.798403 0.798403 1.606514

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.261281
2021-07-04 17:00:00 0.681818 0.681818 0.271775
2021-07-03 17:00:00 0.300300 0.300300 0.310828
2021-07-02 17:00:00 0.000000 0.000000 0.353281
2021-07-01 17:00:00 0.373134 0.373134 0.427109
2021-06-30 17:00:00 0.381679 0.381679 0.456334
2021-06-29 17:00:00 0.000000 0.000000 0.481505

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 1.234568 1.234568 2.588533
2021-07-04 17:00:00 3.809524 3.809524 2.528392
2021-07-03 17:00:00 3.196347 3.196347 2.620725
2021-07-02 17:00:00 3.252033 3.252033 2.651292
2021-07-01 17:00:00 5.577689 1.593625 2.658804
2021-06-30 17:00:00 1.020408 1.020408 2.793845
2021-06-29 17:00:00 4.060914 4.060914 2.785283

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.687534
2021-07-04 17:00:00 1.077199 1.077199 0.680298
2021-07-03 17:00:00 0.344828 0.344828 0.663918
2021-07-02 17:00:00 1.026393 1.026393 0.681640
2021-07-01 17:00:00 0.863558 0.863558 0.680239
2021-06-30 17:00:00 1.525054 1.525054 0.707306
2021-06-29 17:00:00 0.760456 0.760456 0.703669

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 0.649070 0.649070 0.590361
2021-07-04 17:00:00 0.960846 0.960846 0.603202
2021-07-03 17:00:00 0.462718 0.462718 0.615739
2021-07-02 17:00:00 0.425170 0.425170 0.624359
2021-07-01 17:00:00 0.456725 0.456725 0.639303
2021-06-30 17:00:00 0.780031 0.780031 0.669298
2021-06-29 17:00:00 0.662535 0.662535 0.692311

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 1.425856 1.425856 2.521828
2021-07-04 17:00:00 5.341880 5.341880 2.592043
2021-07-03 17:00:00 2.442827 2.442827 2.625289
2021-07-02 17:00:00 2.524956 2.524956 2.725372
2021-07-01 17:00:00 3.110420 3.110420 2.728643
2021-06-30 17:00:00 2.042007 2.042007 2.827017
2021-06-29 17:00:00 3.478774 3.478774 2.929347

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 1.477833 0.489263 0.662397
2021-07-04 17:00:00 1.902174 1.902174 0.677880
2021-07-03 17:00:00 0.358102 0.358102 0.698451
2021-07-02 17:00:00 1.178689 0.518623 0.701476
2021-07-01 17:00:00 0.568182 0.568182 0.705914
2021-06-30 17:00:00 0.885878 0.885878 0.718245
2021-06-29 17:00:00 0.533721 0.533721 0.695793

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 2.255932 2.255932 2.913161
2021-07-04 17:00:00 2.888700 2.888700 2.975897
2021-07-03 17:00:00 3.544036 3.544036 2.964487
2021-07-02 17:00:00 3.400355 3.400355 2.950445
2021-07-01 17:00:00 3.068996 3.068996 2.911069
2021-06-30 17:00:00 2.849117 2.849117 2.945384
2021-06-29 17:00:00 2.159215 2.159215 2.910931

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 2.513795 0.986763 1.086051
2021-07-04 17:00:00 1.184147 1.184147 1.070802
2021-07-03 17:00:00 1.232742 1.232742 1.068677
2021-07-02 17:00:00 1.390221 1.390221 1.059216
2021-07-01 17:00:00 1.119561 1.119561 1.070478
2021-06-30 17:00:00 0.768751 0.768751 1.069005
2021-06-29 17:00:00 0.389105 0.983571 1.044146

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 1.898734 1.898734 1.433407
2021-07-04 17:00:00 2.650602 2.650602 1.401579
2021-07-03 17:00:00 1.234568 1.234568 1.468449
2021-07-02 17:00:00 1.810865 1.810865 1.533577
2021-07-01 17:00:00 0.443131 0.443131 1.568565
2021-06-30 17:00:00 1.353638 1.353638 1.673450
2021-06-29 17:00:00 1.398601 1.398601 1.713384

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.965269
2021-07-04 17:00:00 0.000000 0.000000 1.001157
2021-07-03 17:00:00 1.401869 1.401869 0.942997
2021-07-02 17:00:00 0.000000 0.000000 0.985573
2021-07-01 17:00:00 1.058201 1.058201 1.023249
2021-06-30 17:00:00 2.941176 2.941176 1.035383
2021-06-29 17:00:00 1.775148 1.775148 1.041599

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-05 17:00:00 3.501946 3.501946 2.766102
2021-07-04 17:00:00 2.475479 2.475479 2.751725
2021-07-03 17:00:00 1.176051 3.343465 2.679318
2021-07-02 17:00:00 3.082747 3.082747 2.644150
2021-07-01 17:00:00 2.340426 2.340426 2.580235
2021-06-30 17:00:00 2.713987 2.713987 2.531777
2021-06-29 17:00:00 1.843765 1.843765 2.459111

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.871658 7.085561 2.113899
Basilicata 2.173913 0.452489 3.014680
Calabria 2.040816 0.679642 1.509853
Campania 7.789233 6.168277 6.441178
Emilia-Romagna 8.226950 8.226950 4.485787
Friuli Venezia Giulia 0.576369 0.576369 1.725062
Lazio 3.336013 3.336013 2.675800
Liguria 1.098901 1.098901 0.706788
Lombardia 0.846052 1.140201 1.131366
Marche 1.173021 0.414723 2.051130
Molise 0.000000 0.000000 0.261281
P.A. Bolzano 1.234568 1.234568 2.588533
P.A. Trento 0.000000 0.000000 0.687534
Piemonte 0.649070 0.649070 0.590361
Puglia 1.425856 1.425856 2.521828
Sardegna 1.477833 0.489263 0.662397
Sicilia 2.255932 2.255932 2.913161
Toscana 2.513795 0.986763 1.086051
Umbria 1.898734 1.898734 1.433407
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 0.965269
Veneto 3.501946 3.501946 2.766102

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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